被质疑论文图片PS,曹雪涛回应:“放错图了”
2019-11-19 07:02

被质疑论文图片PS,曹雪涛回应:“放错图了”

本文来自微信公众号:果壳(ID:Guokr42),作者:麦麦,矩阵星,封面来自:视觉中国


最近,南开大学校长、中国工程院院士曹雪涛教授,被质疑其实验室发表的论文存在图片问题。



曹雪涛 | 东方IC


从11月14日开始,曾任职于斯坦福大学的独立科学顾问伊丽莎白·比克(Elisabeth Bik)在推特和科学讨论与评审网站Pubpeer上,贴出了对于曹雪涛实验室论文的质疑。随后,她和一名网名为Hoya Camphorifolia的网友,在Pubpeer上标出了约50篇有问题的论文。


在被比克质疑研究成果后,曹雪涛及其实验室成员在Pubpeer上回应了部分质疑。


谁质疑了谁?


曹雪涛是免疫学专家,中国工程院院士,现任南开大学校长,曾任中国医学科学院院长、北京协和医学院校长,长期从事免疫识别与免疫调节的基础研究、肿瘤等重大疾病的免疫治疗转化应用研究。曹雪涛以通讯作者身份发表SCI收录论文250余篇,其中包括《自然》 (2篇)、《科学》 (2篇论文,2篇评述)、《细胞》 (4篇),论文SCI他引10000多次。


伊丽莎白·比克是一名独立科学顾问,她曾在斯坦福大学医学院任职15年,在微生物群研究和学术不端行为方面具备专业知识,目前专职调查篡改实验图像等学术造假问题。2016年,她与另外两名研究人员在期刊mBio上发表论文,举报700多篇论文的图像异常,数十篇论文因此被撤稿。


PubPeer网站创办于2012年,是供科研人员等群体讨论与评审科学研究的网站,研究人员可在该网站上对已发布的科研成果进行同行评审,表达评论与质疑。2014年小保方晴子的STAP细胞造假论文发表后,PubPeer上最先出现了关于伪造数据的讨论。


质疑了什么?


目前被质疑的文章约有50篇,时间从2003年一直跨越至2019年。绝大部分文章里,曹雪涛都是通讯作者。通讯作者往往指课题的总负责人,承担课题的经费、设计、文章的书写和把关,是文章和研究材料的联系人。当然,通讯作者也担负着确保文章可靠性的责任。


目前,50余篇文章中,被质疑的问题主要包括几方面:


1)在不同实验或不同指标当中,出现的结果图过于相似,被质疑为同一张图片反复使用。


2008年发表于《分子免疫学》的论文,两个不同的蛋白免疫印记实验里,作为标准参照的Actin条带,调转180度后疑似相似(红框所示)



2019年发表于《细胞与分子免疫学》的论文中,两个理论上不同的组织,其切片染色的结果却相似(红框所示)


2)图片有疑似被改动过的痕迹。


2007年刊发于《分子医学杂志》的论文,蛋白免疫印迹的实验结果中,条带有被剪切过的痕迹 | 参考资料


2009年发表在《免疫学杂志》的论文,流式细胞术的结果图里,被质疑有多处不该有的相似


此前已有3篇更正1篇撤稿


此前,有3篇通讯作者为曹雪涛的论文,其团队已经在学术期刊上进行了更正——


2004年发表在《自然免疫》(Nature Immunology)上的文章,错误地使用了两张相同的图。由于原始数据已经不可用,在2014年的更正里,他们用新实验的数据进行了代替。



2004年的文章里,红框所示的两张图有误


2005年发表在《临床癌症研究》(Clinical Cancer Research)上的文章,包括蛋白免疫印迹、细胞流式术、逆转录PCR等实验数据出错了。他们在2015年的更正里展示了正确的数据;并且表示,这些错误不会影响数据解读和论文结果。


2013年发表在《生物化学杂志》(Journal of Biological Chemistry)上的文章,其中图片有误;他们在2014年的勘误里更换了图片。


另外,2014年发表于《生物化学杂志》的另一篇文章,之前已经由研究者自行撤稿了。


回应了什么?


过去这一天,曹雪涛及其团队成员,陆续对其中几篇质疑的论文进行了回应,(但大部分质疑仍未得到回应)。在被回应的几篇文章中,最受关注的是2014年发表在著名学术期刊《科学》(Science)上的一篇论文。


质疑者表示,这篇论文的补充结果部分,有一张流式细胞术的结果图。其中,最左边“未转染”与最右边的“Inc-DC RNAi-1”的数据,被怀疑是相似的。



最左边“未转染”与最右边的“Inc-DC RNAi-1”的数据,被怀疑是相似的


质疑者将两张图重叠,发现颇为吻合


对于,曹雪涛亲自回应称,这可能是因为他们放错了图;并且在回应中,展示了原始数据,对这种无意的错误表示了歉意。



曹雪涛贴出了原始数据(左滑查看更多)


类似“无意的错误”,还有2018年发表于《细胞与分子免疫学》(Cellular and Molecular Immunology)的文章。论文第一作者Shuxun Liu表示,他们错误地复制了同一份数据,导致结果图重复;目前,已经向期刊申请更正,勘误将会尽快公布出来。


比克质疑这两张图片是一样的,作者回应称是复制错了结果


有些回应则称,并非是论文出现了问题。


例如,2011年刊发在《实验医学杂志》(Journal of Experimental Medicine)上的论文,第一作者Taoyong Chen在回应中展示了原始的图像,表示这几张图恰巧很像,并没有存在错误或有意造假。


2013年发表在《免疫学杂志》(Journal of Immunology)论文,关于几个miRNA微阵列的图像,第一作者Li Lin表示,这是因为图片从低像素转为高像素的过程中变得比较模糊,同时存在色差等问题;并且贴出了原始数据佐证。




左图为质疑者质疑的图像;左滑为研究者贴出的原始数据


存在争议的质疑


但在质疑的过程中,有一些帖子也出现了争议。


例如2008年发表于《血液》(Blood)的文章中,比克质疑,细胞免疫荧光实验中,红框所标示的视野太过相似。随后,其他网友指正道,根据论文的内容,这里6个小图,标示的本就是同一片细胞。



这个结果图里,6个小图代表的是不同条件下的同一片细胞


也就是在这个帖子底下,曹雪涛回应了一份声明。


亲爱的比克博士:


我在这里对您近期发布的疑问进行回应,这些问题涉及到医学免疫学国家重点实验室和第二军医大学免疫学研究所的相关工作,而我是这些研究工作的通讯作者。


我很感激您对我们的工作所表现出的兴趣,以及您在保证科学记录准确性和科研探索诚信度当中所做出的努力。这些对我来说也极为重要。在收到您的疑问后,我将问题的解决视为我们的首要任务,并立即采取行动与研究团队和合作方一同调查您所提出的问题,仔细地重新检查了我们的手稿、原始数据和实验记录。我们将以最高标准要求实验结果的准确性,如果我们的调查表明有任何出错的风险,我们将立即和相关期刊的编辑部门协作处理。


基于我们目前为止(且仍在进行中)的分析和从同事同僚处收到的反馈,我想补充的是,我对这些论文中的科学结论的有效性、可靠性和研究的可重复性仍然保持信心。然而,在科研成果监督和实验室领导方面出现任何失误都没有借口可言。您提出的关切再次提醒我,作为一名导师、监督者和实验室领导者,我的角色和责任是如此的重要,而在这些方面我可能做的有所不足。因此,我的心情非常沉重,对我现在和以前的学生、员工和同事同僚以及更广泛的学术界感到非常抱歉。对于我在工作中的任何疏忽以及可能由此带来的不便,我深表歉意。我会将此视为宝贵的学习机会,将来不仅致力于推动科学发展,同时在守卫科学的准确性和诚信度上做出更大的贡献。


您真诚的


曹雪涛


目前,还有大量的质疑没有被回应。中国工程院办公厅表示,他们已经接到了有关的投诉,会调查处理这件事情。


至于这50余篇被质疑的文章,其中数据和图像出错的部分,是无意的过失,还是有意为之,可能都要等待最终的调查结果。比克在自己的推特中也说:我没有在指责任何人学术不端;请记住,许多这类小问题可能只是诚实的错误。



但无论错误是有意还是无意犯下的,研究者都应该为自己发表的数据和随之而来的后果负责。而确定数据真实有效,也应该是学术研究的基础准则吧。


参考资料及图片来源:

[1] Pubpeer.com

[2] https://www.researchgate.net/profile/Elisabeth_Bik

[3] https://www.the-scientist.com/news-opinion/eye-for-manipulation--a-profile-of-elisabeth-bik-65839

[4] http://www.xuetaocao.org/

[5] http://graduate.nankai.edu.cn/cxt/list.htm


本文来自微信公众号:果壳(ID:Guokr42),作者:麦麦,矩阵星

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